查看“︁AMBER力场”︁的源代码

{{Infobox software
| name                   = AMBER<br/><small>Assisted Model Building with Energy Refinement</small>
| logo                   =
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| collapsible            =
| author                 = Peter Kollman, David Case, Tom Cheatham, Ken Merz, Adrian Roitberg, Carlos Simmerling, Ray Luo, Junmei Wang, Ross Walker
| developer              = [[加利福尼亚大学旧金山分校|UCSF]]
| released               = {{Start date and age|2002}}
| programming language   = [[C语言|C]], [[C++]], [[Fortran|Fortran 95]]
| operating system       = [[Microsoft Windows|Windows]], [[OS X]], [[Linux]], [[Unix]], [[CNK operating system|CNK]]
| platform               = [[x86]], Nvidia GPU, [[Blue Gene]]
| size                   = 视情况
| language               = 英语
| genre                  = 分子动力学
| license                = Amber: 专有软件<br />AmberTools: [[GNU General Public License|GPL]], [[公有领域]], 其它开源软件
| website                = {{URL|ambermd.org}}
}}

'''AMBER力场'''是在[[生物大分子]]的模拟计算领域有着广泛应用的一个[[分子力场]]。开发这个力场的是Peter Kollman课题组，最初AMBER力场是专门为了计算[[蛋白质]]和[[核酸]]体系而开发的，计算其力场参数的数据均来自实验值，后来随着AMBER力场的广泛应用，包括Kollman在内的很多课题组对AMBER力场的内容不断进行丰富，逐渐开发出了一个可以用于[[生物大分子]]、[[有机]]小分子和[[高分子]]模拟计算的力场体系。但是总体来讲，AMBER力场的优势在于对生物大分子的计算，其对小分子体系的计算结果常常不能令人满意。

AMBER力场的势能函数形势较为简单，所需参数不多，计算量也比较小，这是这个力场的一大特色，但也在一定程度上限制了这个力场的扩展性。本力场用[[谐振子模型]]计算键长伸缩能和键角弯转能，用[[傅立叶级数]]的形式来描述二面角扭转能，选用[[Lennard-Jones势]]来模拟[[范德华力]]；用库仑公式来描述静电相互作用，其势能表达式为<ref name="Cornell1995">{{cite journal |vauthors=Cornell WD, Cieplak P, Bayly CI, Gould IR, ((Merz KM Jr)), Ferguson DM, Spellmeyer DC, Fox T, Caldwell JW, Kollman PA |title=A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules |journal=J. Am. Chem. Soc. |volume=117 |pages=5179–5197 |year=1995 |doi=10.1021/ja00124a002}}</ref>：

<math>
V_{(r^N)}=\sum_{bonds} \frac{1}{2} k_b (l-l_0)^2 + \sum_{angles} \frac{1}{2} k_a (\theta - \theta_0)^2 + \sum_{torsions} \frac{1}{2} V_n [1+cos(n \omega- \gamma)] +\sum_{j=1} ^{N-1} \sum_{i=j+1} ^N \left\{4\epsilon_{i,j}\left[\left(\frac{\sigma_{ij}}{r_{ij}} \right)^{12} - \left(\frac{\sigma_{ij}}{r_{ij}} \right)^6 \right]+ \frac{q_iq_j}{4\pi \epsilon_0 r_ij}\right\}
</math>

现在有很多主流计算软件包应用了AMBER力场，其中除了Kollman课题组开发的AMBER软件之外，还有[[Insight II]]、[[Sybyl]]、[[Cerius2]]、[[MOE]]和[[HyperChem]]等。

== 参见 ==
* [[计算化学]]
* [[分子力场]]
== 参考资料 ==
{{Reflist}}

{{化学软件}}
{{分子力场}}

[[Category:分子力场]]
[[Category:分子模擬軟體]]